В статье представлены основные результаты моделирования рациональной иерархии при переходе к плоской организационной структуре в системе государственного управления. В качестве примера использована организационная структура таможенного органа. Полученные результаты позволяют доказательно реализовать комплекс мероприятий, связанных с переходом от иерархических организационных и управленческих структур к плоским. Для обоснования рациональной иерархии предложена комплексная методика анализа эффективности функционирования организационных структур управления в условиях оптимизации иерархии. Методологическая основа исследования включает в себя инструменты теории массового обслуживания, экономико-статистические и экспертно-аналитические методы. В результате моделирования доказано, что плоская организационная структура является более рациональной, чем иерархическая. Это обусловлено тем, что скорость обслуживания запросов клиентов при плоской структуре возрастает за счет уменьшения внутренних вертикальных коммуникационных связей и расширения горизонтальных путем эффективного перераспределения кадрового потенциала.