В статье проанализирована специфика подготовки профессиональных кадров по управлению инновациями в Российской Федерации. Объектом исследования является направление подготовки «Инноватика», реализующее методологию подготовки специалистов по управлению инновациями во всех сферах экономики. Цель исследования заключается в оценке соответствия методологии подготовки менеджеров по управлению инновациями требованиям современной концепции образования, предполагающей практикоориентированность образования и проведение в вузах фундаментальных и прикладных исследований, востребованных в инновационной экономике. Задача исследования – постановка проблемы реализации таких требований к системе высшего образования, как адаптивность выпускников требованиям рынка труда, их способность разрабатывать и реализовывать проекты и решать задачи инновационного развития. Исследование базируется на применении симплекс-метода Басадура по решению нестандартных проблем управления и формирует комплексное представление о проблемах подготовки кадров для инновационной экономики и использования профессиональных компетенций менеджера по инновациям в методологии проектного образования для реализации модели предпринимательского университета. В результате формулируется задача формирования коллаборации технических вузов, обладающих пулом технологических стартапов, но не формирующих компетенции по их коммерциализации с вузами, осуществляющими подготовку менеджеров по инновациям как специалистов по продвижению стартапа на рынок.