Исследованы экономические трансформации в некоммерческом секторе Российской Федерации и инновационные методы управления и контроля финансовой деятельности некоммерческих организаций (далее – НКО). Проанализированы основные факторы, влияющие на деятельность НКО, структуру их финансирования и модель управления, а также определены потенциальные возможности и проблемы, с которыми сталкиваются НКО в современных условиях. Проведенное исследование показало, что НКО играют значительную роль в макроэкономических показателях и их влияние на экономические, политические и социальные процессы возрастает. Особое внимание уделено диверсификации источников финансирования НКО и внедрению новых цифровых технологий в процессе сбора денежных средств. Подчеркнута важность пересмотра моделей накопления финансовых ресурсов и создания платформ для взаимодействия с благополучателями и финансовыми донорами. Проведен всесторонний анализ факторов, оказывающих влияние на функционирование некоммерческих организаций. Выявлено, что переход к партнерской модели взаимодействия с благополучателями и передача государством части социальных услуг НКО является доминирующим фактором. На основании полученных данных сделан вывод о формировании новой модели и структуры управления НКО. Исследование структуры финансовых источников позволило выявить изменение финансового механизма с увеличением доли финансирования со стороны государства. Его результаты представляют интерес для специалистов в области некоммерческого сектора, представителей НКО и государственных служащих. Материалы исследования могут быть использованы для разработки рекомендаций по развитию НКО и оптимизации их финансирования.